restaurar                package: -	                R Documentation

Mapa de plantio para restauração ecológica

Description:

A partir de uma lista de espécies classificadas por grupo sucessional e das dimensões da área a ser restaurada, sugere um mapa de plantio de mudas intercalando linhas de plantio de espécies pioneiras com linhas de não pioneiras, e em cada linha de plantio evita que indivíduos da mesma espécie fiquem próximos.

Usage:

restaurar(lista, dim = c(y,x), matriz = FALSE, cex.spp = 0.5, cex.r = 0.5)

Arguments:

lista		Dataframe com duas colunas: primeira com o nome das espécies e 			segunda com a classificação sucessional das espécies.

dim		Vetor numérico com duas posições (dimensões da área de plantio): 			primeira com tamanho da dimensão 1 (paralela às linhas de plantio
               e equivalente ao eixo y no mapa de plantio) e segunda com o tamanho da 		dimensão 2 (perpendicular às linhas de plantio e equivalente ao eixo x 		no mapa de plantio).

matriz		Um valor lógico indicando se a matriz de posições das mudas no 			mapa de plantio deve ser retornada também.

cex.spp		Um valor numérico indicando o tamanho dos rótulos que representam 			as mudas das espécies no mapa; o padrão é 0.5.

cex.r		Um valor numérico indicando o tamanho dos rótulos que representam 			cada linha de plantio no mapa (ou rocamboles); o padrão é 0.5.

Details:

As dimensões da área de plantio devem ser fornecidas em metros.

Alguns 	conjuntos de dados podem exigir valores de cex.spp e cex.r menores que 0.5 para uma melhor visualização do mapa de plantio.

Para uma melhor visualização do mapa de plantio gerado, amplie a janela gráfica ao máximo.

Value:

A função retorna um gráfico e uma lista. 

O gráfico representa o mapa de plantio, com a primeira dimensão em metros da área a ser restaurada no eixo y e a segunda dimensão, também em metros, no eixo x. Rótulos numéricos representam as mudas de cada espécie, sendo que as mudas estão colocadas a cada 2 metros dentro de cada linha de plantio. As linhas de plantio distam 3 metros umas das outras e são indicadas por rótulos que identifiquem os respectivos rocamboles (R1, R2, etc.) na margem superior do gráfico. O mapa gerado já contém as margens do plantio, fixadas em pelo menos 1 metro para a primeira dimensão (margens superior e inferior), e em pelo menos 1.5 metros para a segunda dimensão (margens esquerda e direita). As linhas de plantio plotadas NUNCA ultrapassam essas margens, mesmo se houver espaço na área para incluir mais uma linha de plantio às custas de diminuir as margens direita e/ou esquerda.

A lista contém os seguintes componentes:

comp1 : Uma matriz representando as posições das espécies na área de plantio. 	 	 Este componente só é retornado se o argumento ’matriz’ for verdadeiro.

comp2 : Um data.frame contendo a quantidade necessária de mudas por espécie e os        	 respectivos códigos de cada espécie no mapa de plantio.

comp3 : Um data.frame contendo a quantidade necessária de mudas por grupo 		 	 sucessional e o total de mudas.

Warning:

A função é interrompida, gerando mensagens de erros, se o primeiro objeto não for um data.frame, se o segundo objeto não foi inserido e se o segundo objeto não for um vetor numérico com tamanho 2. Outra mensagem de erro diz respeito ao número de espécies fornecido não caber na área desejada, o que deve ocorrer apenas se o segundo objeto conter valores muito pequenos ou se a lista de espécies for muito grande para a área fornecida.

Notes:

Para uma melhor visualização de matrizes de grandes conjuntos de dados, atribua a função a um objeto e use o comando ‘View(objeto[[1]])’.

Para certos tamanhos de área, o número de linhas de plantio será ímpar, resultando em uma diferença no número de mudas necessárias para cada grupo sucessional. Nesse caso, o grupo sucessional que aparecer primeiro na lista de espécies será aquele com maior número de mudas (acréscimo proporcional ao tamanho de uma linha de plantio) e o que ocupará a primeira e a última linha de plantio. Assim, caso deseje escolher o predomínio de um grupo sucessional, altere a ordem das espécies no objeto de entrada do argumento ‘lista’, começando por uma espécie qualquer do grupo sucessional que se quer ter indivíduos em maior quantidade.

Para áreas de plantio muito grandes (acima de 400x400m ou 15 ha, por ex.), recomenda-se usar a função por módulos de plantio (de tamanho até 300x300m ou 10 ha aproximadamente com cex.spp=0.25 e cex.r=0.25), ao invés de para a área total, para gerar gráficos (e matrizes) com melhor visualização.

Caso deseje seguir protocolos de restauração com outras distâncias entre linhas de plantio e entre mudas, mas com a mesma intercalação de grupo sucessional pelas linhas de plantio, use a matriz de posições para pensar um mapa que melhor lhe atenda.

Author(s):

Rodolfo Liporoni Dias
rld@usp.br

São Paulo, 15 de maio de 2016

References:

-Siqueira, LP (2002). Monitoramento de áreas restauradas no interior do estado de São Paulo, Brasil. Dissertação de mestrado, Esalq-USP.
-Varanda, et al. (1998). Implantação da floresta do campus em Ribeirão Preto. Projeto da Prefeitura do Campus Administrativo de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 31p.
-Varanda et al. (2011).Projeto de recuperação de parte do Banco Genético da Floresta da USP-RP. Disponível em: http://www.sga.usp.br/wp-content/uploads/21.pdf

See Also:

As seguintes funções podem ser úteis para entender os objetos de saída: matrix(), aggregate(), plot().

Examples:
## Criando uma lista de 52 espécies com maior presença de um grupo sucessional:
spp<-sample(c(sample(letters,size=26),sample(LETTERS,size=26)),size=52) # cria uma lista de espécies representadas por letras aleatórias
grsuc<-sample(c("Pioneira","Nao pioneira"),size=52,replace=TRUE) # cria um vetor aleatório com dois grupos sucessionais do mesmo tamanho que a lista de espécies
lista<-data.frame(spp,grsuc) # junta esses vetores num data.frame (objeto de entrada 1)
## Aplicando a função para restaurar áreas de diferentes dimensões:
restaurar(lista,dim=c(80,60),matriz=TRUE) # área de 0.5 ha, pouco realista, só para rodar rápido a função
restaurar(lista,dim=c(158,300),matriz=TRUE,cex.r = 0.25) # área de 4.74 ha
restaurar(lista,dim=c(143.3,264.7),matriz=TRUE,cex.r = 0.35) # área de 3.8 ha com dimensões sendo números não inteiros
restaurar(lista,dim=c(13.3,14.7),matriz=TRUE) # exemplo de tamanho de área onde existem mais espécies do que cabem na área (de forma que se plante pelo menos um indivíduo por espécie) - retorna mensagem de erro
restaurar(lista,dim=c(75,370),matriz = FALSE,cex.spp = 0.5, cex.r = 0.25)
restaurar(lista,dim=c(50,300),matriz = FALSE,cex.spp = 0.4, cex.r = 0.25)
